1.消毒
消毒是防止鼠疫疫情扩散的重要措施，是疫区处理的主要任务之一，其目的是将污染范围内的病原微生物杀灭或去除，使之无害化。
对鼠疫患者居住的房间可用1000mL二氧化氯溶液、0.5%过氧乙酸或5%来苏儿喷雾消毒(300m1/m3),每天1次，腺鼠疫患者房间每天消毒2次。运送患者的车辆用1000m二氧化氯溶液、0.5%过氧乙酸或5%来苏儿水溶液喷雾消毒。车辆外部消毒应加大浓度。
2.灭蚤
鼠疫疫区判定后，在救治病人的同时，应把患者的衣服、被褥全部更换下来进行消毒、灭蚤处理。对患者及密切接触者住处的所有房屋、地面、墙壁、炕面、室内物品等普遍喷洒灭蚤药物，进行初步灭蚤。此时暂不搬动室内物品，以免蚤类四散逃逸而增加感染机会。初步灭蚤后，接着进行二次普遍的药物灭蚤。对大、小隔离圈首先进行环境灭蚤，同时进行鼠洞灭蚤处理。
应根据流行动态和当地游离蚤的严重程度，灭蚤工作可扩大到警戒区或更大范围。所使用的灭蚤药物可重复或交替使用。对猫、犬等动物严加管理，要求拴养并用药物灭蚤。凡不拴养的猫、犬一律处死。当疫情严重，有发展趋势时可将猫、犬等家养食肉动物全部处死。
隔离圈外围如果是动物鼠疫疫区时，要使用鼠蚤并灭的熏蒸药物处理鼠洞。使用毒饵法灭鼠时，及时堵洞，防止蚤类游离洞外。灭蚤可使用敌敌畏、澳氰菊醋、奋斗呐、灭害灵等。用化学灭蚤药物对大、小隔离圈进行室内外环境灭蚤后，要求达到粘蚤纸法(每房间5张)或集土法(每房间5ml)检不到跳蚤的标准。
